05:00 
Хотя неинвазивное пренатальное тестирование (НИПТ) произвело революцию в пренатальной диагностике, позволив выявить ряд генетических проблем у плода, в настоящее время оно ограничено и, таким образом, не учитывает многие генетические причины аномалий. Но новый метод, который будет представлен сегодня (в субботу) на ежегодной конференции Европейского общества генетики человека, представляет технологию под названием неинвазивное секвенирование плода (NIFS), которая позволит одновременно проверять почти 23 000 генов, а также все состояния, которые в настоящее время фиксируются с помощью НИПТ, при беременности как с ранее обнаруженными аномалиями плода, так и без них.
Представляя исследование, доктор Кристофер Уилан, старший Ученый-вычислитель, работающий в лаборатории доктора Майкла Тальковски в Массачусетском технологическом институте и Гарварде, а также в Центре геномной медицины Массачусетской больницы общего профиля в Бостоне, Массачусетс, США, говорит, что новый метод позволил идентифицировать очень высокую долю клинически значимых генетических вариантов, которые в настоящее время можно обнаружить только с помощью инвазивного секвенирования генома (GS). По его словам, это открытие позволяет предположить, что NIFS может использоваться как более безопасный и одинаково точный инструмент скрининга при всех беременностях, говорит он.
Большинство современных методов НИПТ имеют низкое разрешение и фокусируются только на небольшом количестве генетических аномалий, а стандартизация между ними ограничена. Комплексное тестирование всех генов, имеющих отношение к пренатальной диагностике, доступно только с помощью инвазивных методов тестирования. «В настоящее время многие женщины отказываются от инвазивных методов секвенирования — амниоцентеза и биопсии ворсин хориона (CVS) — из-за риска для плода, связанного с этим стресса, трудностей доступа и стоимости, хотя его диагностические возможности высоки», — говорит доктор Уилан. «Мы пытались разработать тест с аналогичной диагностической ценностью, но без рисков и других недостатков».
Исследователи протестировали NIFS на 565 беременностях со средним сроком беременности 17 недель. Они применили секвенирование глубокой бесклеточной ДНК плода (cffDNA) для анализа образцов материнской крови и использовали передовые вычислительные методы для идентификации генетических вариантов почти 23 000 генов (экзом*) у каждого плода. Сравнение своих результатов с результатами прямого секвенирования плода после амниоцентеза или CVS позволило им проверить их точность; они обнаружили, что NIFS обнаружил около 95-99% генетических вариантов, обнаруженных инвазивными методами, в зависимости от типа варианта и характера наследования, и, что важно, 97,2% генетических вариантов, ответственных за клинически важные состояния в исследовании. «Тест показал себя очень хорошо, выявив все клинически значимые варианты, обнаруженные с помощью инвазивного GS, которые были бы пропущены всеми современными неинвазивными тестами, и точно генотипируя более 97% из них. Были также некоторые неожиданные открытия, такие как беременность двойней с аномальной тканью и доказательства того, что некоторым матерям была сделана трансплантация костного мозга от донора-мужчины, что исказило результаты НИПТ», — говорит доктор Уилан. «Это еще раз доказало силу метода».
NIFS оценивается значительно дешевле нынешнего золотого стандарта инвазивной ГС, поскольку он в значительной степени основан на возможностях, которые уже существуют и широко доступны в коммерческих диагностических лабораториях, и не требует медицинской процедуры. Этот метод использует лишь немного большее количество считываний секвенирования, чем необходимо для инвазивного ГС, и его можно использовать на более ранней стадии беременности, чем та, на которой большинство аномалий плода выявляются с помощью визуализации. Обеспечивая более ранний доступ к генетической информации и диагнозам, NIFS может снизить общие затраты, позволяя более информированно вести беременность. Уже было показано, что тест точен на образцах, взятых у беременных уже на 10 неделе беременности, при этом доля вкДНК в материнской крови, поступающей из плаценты (фракции плода), составляет всего три процента. «В этих фракциях мы по-прежнему наблюдали очень высокое соответствие с клиническим GS, полученным на ДНК в результате инвазивного тестирования», — говорит доктор Уилан.
Теперь исследователи намерены продолжать совершенствовать возможности NIFS, чтобы иметь возможность идентифицировать дополнительные клинически значимые генетические варианты, которые не оцениваются с помощью стандартного секвенирования экзома. Они также расширяют и масштабируют свои исследования, чтобы в будущем обеспечить скрининг NIFS для всех беременностей.
"Хотя диагностические результаты и общая эффективность теста не стали сюрпризом, было примечательно, что мы смогли получить доступ и секвенировать столько же генома плода, сколько мы это сделали, используя простой забор материнской крови во время беременности. В будущем предстоит много интересной работы в области пренатального лечения генетических заболеваний. Вместе с NIFS это может быть преобразующим, позволяя использовать лечение на более ранней и более эффективной стадии. NIFS также позволяет нам начать собирать, за несколько месяцев до рождения, клинически значимую информацию, которая в настоящее время оценивается с помощью скрининга новорожденных, что позволяет заранее подготовиться к послеродовому ведению», — говорит доктор Уилан.
