14:00 
RNAConnect, медико-биологическая компания, предоставляющая инструменты нового поколения сообществу РНК, сегодня объявила о коммерческой доступности набора UltraMarathonRT® Direct RNA?Seq (uMRT DRS), решения для подготовки библиотеки нативной РНК для прямого секвенирования РНК Oxford Nanopore Technologies® (SQK-RNA004). Набор позволяет обнаруживать больше генов, больше изоформ и более длинные транскрипты, чем существующие протоколы. Он использует этап мягкой стабилизации обратной транскрипции (RT) при 30 °C и ультрапроцессивную работу фермента для сохранения целостности РНК, расширения представления длинных транскриптов и поддержания сигналов модификации эндогенной РНК в прямом рабочем процессе ONT.
Прямая РНК-Seq требует начального этапа обратной транскрипции для сглаживания вторичных структур и стабилизации РНК, которая затем протягивается непосредственно через нанопоры и считывается. Непосредственное считывание цепи РНК таким способом позволяет проводить специфичные для цепи измерения с разрешением по изоформам наряду с информацией о модификации оснований. Набор UltraMarathonRT Direct RNA-Seq упрощает этот рабочий процесс благодаря оптимизированным реагентам для текущего химического анализа ONT RNA004 и низкотемпературному этапу RT, который обеспечивает секвенирование большего количества каждого образца РНК.
Особенные характеристики набора UltraMarathonRT Direct RNA-Seq:
По сравнению с существующим рекомендуемым протоколом, этот набор имеет новый химический состав и более низкую температуру RT (30 °C) приводят к:
- Выход кДНК выше на 25–50 %
- На 5–10 % больше длины считывания с очень большими различиями в транскриптах >2 кб
- Обнаружено на 1–2 % больше генов
- Обнаружено на 15–20 % больше новых транскриптов (NIC и NNIC)
- Обнаружено на 25–30 % больше событий удержания интронов
- Эквивалентная скорость картирования и оценка Q
Мы внимательно изучили существующие протоколы прямого секвенирования РНК и увидели места, где глубокие знания нашей компании о РНК в сочетании с уникальными свойствами UltraMarathonRT могут повысить производительность длинных считываний РНК. RNAConnect рада представить этот простой в использовании набор и рабочий процесс, который позволит сделать новые открытия нашим активным научным сообществом в области РНК."
Д-р Джейсон Андервуд, вице-президент по развитию технологий, RNAConnect
"Технологии секвенирования длительного чтения обладают удивительной способностью получать доступ ко всему диапазону транскриптов, длина которых может составлять несколько тысяч оснований или более", добавил д-р Пол Баутц, доцент Школы медицины и стоматологии Рочестерского университета, который был бета-тестером uMRT DRS. Кит. «К сожалению, большинство обратных транскриптаз этого не делают. Это действительно мешало нам увидеть весь спектр альтернативного сплайсинга, происходящего в расшифровках, поэтому открытие UltraMarathonRT изменило правила игры. Новый набор uMRT DRS легко интегрируется в протокол прямого секвенирования РНК ONT и дает нам фантастические результаты. Мы обязательно будем использовать его для дальнейшего прямого секвенирования РНК».
