Исследователи Vanderbilt составили молекулярную карту более 7600 опухолей молочной железы

Учёные Vanderbilt-Ingram Cancer Center объединили данные о более чем 7600 опухолях молочной железы из 22 исследований и составили одну из крупнейших транскриптомных карт этого заболевания. Она выявила ранее не описанные группы опухолей и может помочь точнее подбирать лечение, однако её пользу для пациентов ещё предстоит проверить в клинических исследованиях.

Работа опубликована 3 ноября в журнале Cell Reports Medicine. Транскриптом — это совокупность молекул РНК, которые производит опухоль; её анализ показывает, какие гены активны и какими молекулярными особенностями обладает новообразование.

Сегодня рак молочной железы обычно классифицируют по наличию или отсутствию рецепторов эстрогена и прогестерона, а также белка HER2. Дополнительное изучение активности генов позволило выделить молекулярные подтипы, но пациенты с формально одинаковым диагнозом могут по-разному отвечать на лечение. Новая карта показывает, что внутри привычных категорий есть группы с различными биологическими характеристиками, прогнозом и чувствительностью к терапии.

«Объединив данные тысяч опухолей, мы обнаружили ранее скрытые формы рака молочной железы, которые различаются прогнозом, биологией и чувствительностью к лечению», — сказал ведущий автор исследования Брайан Леманн, доцент кафедры медицины Vanderbilt Health.

Среди выводов исследователей — особенности опухолей с низким уровнем рецепторов эстрогена: по поведению они ближе к ER-отрицательному раку, хотя традиционно их относят к ER-положительному. Авторы также выделили подгруппы HER2-положительных опухолей, особенно зависимые от HER2-сигналинга и потенциально чувствительные к определённым ингибиторам HER2-киназ.

Карта выявила нейроэндокринную форму рака молочной железы, связанную с худшими исходами после стандартной химиоэндокринной терапии. В качестве возможной мишени для лечения исследователи указали FGFR1. Кроме того, они описали агрессивный базально-люминальный подтип рака молочной железы с тройным негативным статусом. У него могут быть уязвимости, связанные с мишенями RTK/MAPK и антиангиогенной терапией.

Чтобы сопоставить данные, полученные в разных исследованиях, на разных платформах и с помощью разных методов анализа, команда адаптировала вычислительные подходы из исследований отдельных клеток. В результате опухоли сгруппировали в связанные кластеры. На визуальной карте они напоминают архипелаг: биологически близкие группы занимают отдельные «острова».

Исследователи также создали инструмент, который определяет подтип опухоли по стандартным данным массового секвенирования РНК. Он предназначен для будущих исследований и клинических испытаний. По словам Леманна, следующий важный шаг — проспективно проверить, улучшает ли выбор лечения с учётом этих подтипов исходы пациентов. До такой проверки карта не заменяет стандартную диагностику и рекомендации врача.

Работа продолжает исследования Леманна и Дженнифер Питенпол, которые ранее помогли определить молекулярные подтипы трижды негативного рака молочной железы. Авторы считают, что разработанные вычислительные методы можно применять и для объединения данных о других заболеваниях, включая транскриптомные и протеомные данные.

Первый автор исследования — Синь Сунь, постдокторант кафедры медицины Vanderbilt Health. Работа получила поддержку, в частности, от Национальных институтов здравоохранения США, программы Министерства обороны США по исследованию рака молочной железы, Susan G. Komen и Breast Cancer Research Foundation.